I думаю , пока MapServer настроен с поддержкой GDAL, тогда настройка проекции на слой автоматически вызовет использование этого инструмента для перепроецирования:
http://www.gdal.org/gdalwarp.html
В противном случае, возможно, придется написать сценарий.
Ваше определение слоя должно выглядеть примерно так:
http://mapserver.org/ogc/wms_client.html
LAYER
NAME "prov_bound"
TYPE RASTER
STATUS ON
CONNECTION "http://www2.dmsolutions.ca/cgi-bin/mswms_gmap?"
CONNECTIONTYPE WMS
PROJECTION
"init=epsg:42304"
END
METADATA
"wms_srs" "EPSG:42304"
"wms_name" "prov_bound"
"wms_server_version" "1.1.1"
"wms_format" "image/gif"
END
END