Я не понимаю, зачем вам это нужно, и я согласен с Фабио Задрозным в том, что, похоже, происходит какая-то более глубокая проблема.В конце концов, когда вы запускаете в командной строке интерактивный интерпретатор Python, он также работает в небуферизованном режиме.Eclipse просто ведет себя больше как стандартный интерпретатор.
Тем не менее, вы должны иметь возможность сделать sys.stdout буферизованным, выполнив следующее:
sys.stdout = os.fdopen(sys.stdout.fileno(), 'w', 1)
Для stdin просто измените 'от w до rПоследний аргумент - это размер буфера, где 1 указывает буферизацию строки, а любое число больше 1 указывает буфер этого размера (в байтах).