Это четко указано в ссылке, предоставленной iKlsR, просто импортируйте jar-сервер minecraft внутри вашего classpath и используйте прямо подходящий класс для десериализации. Я предполагаю, что вы можете открыть InputStream, пропустить заголовок и затем использовать InputObjectStream, чтобы украсить и напрямую извлечь всю структуру с классом com.mojang.minecraft.level.Level.
Имейте в виду, что файл сжат и вам нужно будет использовать поток, чтобы позаботиться об этом.