Единственная веская причина для сохранения таблиц / сущностей в одном и том же DBML - это если у них есть отношения, по которым вам нужно ориентироваться.
Если домены не связаны, хранение отдельных файлов DBML облегчит задачу (дизайнер очень быстро придет в себя).
Более того, два домена могут совместно использовать таблицы, но это не означает, что вы должны иметь оба в одной модели. Если их использование является отдельным, оставьте их раздельными (Пользователь - это таблица, которую можно использовать только в качестве ссылки в нескольких доменах и редактировать только в одном другом, поэтому сохранение сущности Пользователь для каждого домена может иметь полный смысл для сокращения перегрузки. ).