Эта автоматическая обработка работает только для инструмента автономного компилятора шейдеров, как указано в предоставленной вами ссылке. Если вы компилируете, используя один из API, вам нужно будет указать обработчик включения, который будет использоваться компилятором всякий раз, когда он встречает директиву include: ID3DInclude