JQM - это просто инфраструктура javascript, которая предоставляет вам некоторые элементы управления пользовательским интерфейсом, анимацию и навигацию по страницам.
Это все еще веб-страница на javascript, так что в конце концов у вас ничего не скомпилировано. Из-за этого ваши пользователи получают к нему доступ, используя БРАУЗЕР, указывающий на URL, как обычный веб-сайт (только те, которые называются веб-приложениями на языке iOS).
PhoneGap - это просто собственный проект (написанный для всех основных мобильных устройств, таких как iOS, Android, BB, WP7 и т. Д.), Который оборачивает элемент управления WebView (в основном, окно браузера) внутри приложения. Вы можете включить ваши файлы .js / .html, и они будут загружены ЛОКАЛЬНО. Еще одна особенность PhoneGap - это мост jscript между вашим кодом и собственными возможностями телефона (например, фотографирование из javascript!).
В конечном итоге вы получаете ПОРТАТИВНОЕ ПРИЛОЖЕНИЕ, которое затем можете опубликовать в AppStore / AndroidMarket.
Надеюсь, это поможет прояснить разницу.