Вы не можете запускать две программы одновременно в одном сеансе MATLAB. Даже если бы вы могли, не было бы экономии времени, потому что MATLAB не простаивал при запуске одной программы.
Если у вас многоядерный компьютер и Parallel Computing Toolbox, вы сможете использовать дополнительные ядра для запуска других программ в параллельных рабочих.