Эти специальные контроллеры не требуют подклассов.Большинство из них даже не предназначены для подкласса.Просто объявите их в коде как переменные класса.Если, с другой стороны, вы все еще хотите использовать их в XIB, добавьте новый UIViewController в MonoDevelop.Затем откройте XIB в Xcode и измените его класс на тип, который вы хотите, например.UINavigationController.
Вы можете сделать это, выбрав контроллер (Владелец файла), а затем напечатав имя класса на панели справа:

