Да, это ограничение CRM. Некоторые объекты недоступны для настройки или связей.
У меня нет удобной среды 4.0, но если этот объект допускает отношения 1: N, я бы, вероятно, просто создал пользовательский объект с поиском в ServiceAppointment и другим вашим объектом, который бы служил той же цели, что и собственный N : N отношения.
Может быть возможно обновить базу данных или настройки, чтобы разрешить этот тип отношений, однако эти типы изменений считаются неподдерживаемыми Microsoft, и у вас будут проблемы с получением поддержки, если что-то пойдет не так.