Moodle-2.0.2, похоже, не имеет проблем. Можете ли вы публиковать сообщения об ошибках, которые вы получили при создании курсов?
Несколько проблем безопасности (не связанных с созданием курса) были решены в Moodle-2.1.1, поэтому настоятельно рекомендуется использовать последнюю стабильную сборку. Установка Moodle из исходного кода - это простой и понятный процесс, поэтому попробуйте.