Поскольку вы задали этот вопрос, блендер 2.6 вышел и стабилен. Да, вы можете сделать это, и нет, вам не нужен файл, созданный в графическом интерфейсе.
Возможно, вам понадобится пустой файл, который скрипт может заполнить ресурсами, но это не обязательно.
Существует даже шаблон, доступный из текстового редактора, который называется «Фоновое задание», который создает сцену с некоторым текстом и отображает его из python, все запускается из командной строки, он также принимает аргументы командной строки, чтобы вы могли передавать переменные к скрипту Python, который очень удобен.