Установите новую версию Python из http://python.org и при настройке PyDev укажите эту версию (в идеале, никогда не используйте установленную версию, уже установленную в системе, и всегда загружайте и используйте версию из http://python.orgдля целей разработки, поскольку версии для Mac не подходят для разработки, поскольку они не поставляются с исходными текстами - а также, если вы что-то там сломаете, вы можете что-то сломать в своей системе).