Более свежее видео от Tech Ed North America здесь , в котором описывается реализация аутентификации на основе утверждений в SharePoint 2010.
Чтобы ответить на ваши вопросы, STS устанавливается один раз для всей фермы. Информацию можно найти здесь для описания архитектуры.
Для сертификатов корневой сертификат сохраняется один раз для всей фермы. Эта информация упоминается в видео, на которое я ссылался выше.
Существует также руководство по шаблонам и практикам по проверке подлинности на основе утверждений, содержащее контент специально для реализаций SharePoint.