Я предполагаю, что минимизация js выполняется плагином, который вы выполняете в <build><plugins>
части pom вашего проекта?
Тогда ваше требование звучит как что-то, что может быть решено с помощью профилей в Maven. Создайте профиль в вашей поме, что-то вроде
<profiles>
<profile>
<id>minimize-js</id>
<build>
...
</build>
</profile>
</profiles>
Затем переместите выполнение плагина минимизатора из основного раздела <build>
вашего проекта в раздел <build>
вашего профиля. Плагин будет запущен только тогда, когда вы скажете Maven включить этот профиль в вашу сборку.
Так что, если вы только запустите
mvn clean install
плагин минимизации не будет выполнен, но если вы запустите
mvn clean install -P minimal-js
тогда он запустит ваш плагин и минимизирует JS.