Вы не говорите, какие виды манипуляций вам нужно применить, и не можете ли вы установить что-то новое на сервер, но если вы можете, вы можете установить OpenOffice (или Libreoffice, как указано @Rok) и получить к нему доступ из Ваш скрипт через командную строку.
OoO может конвертировать все виды офисных форматов, включая прошлые и текущие офисные форматы Microsoft, PDF и HTML, и я считаю, что это лучший инструмент для такой работы.
Вы можете отобразить документы в преобразованном представлении HTML или, если это не сработает (я полагаю, это нарушит лот внутри сложных документов, если оно вообще работает!), PDF, встроенный в iframe, который должен быть таким же.
Эта запись на форуме OpenOffice.org предоставляет некоторые отправные точки.
Редактировать: Если вы не можете установить какое-либо программное обеспечение, существуют сторонние веб-службы, которые выполняют преобразования, в основном за плату. Здесь является примером.