Если вы решите пойти по маршруту Up-Place-Upgrade, он будет использовать существующие OU.
Другой вариант - создать полностью новую среду Dynamics CRM 2011 (и, следовательно, указать новое подразделение).Вы можете импортировать вашу базу данных v4 Org, которая будет выполнять обновление.Это дает вам возможность протестировать хотя бы отдельные части обновления базы данных.