Если вы хотите, чтобы SQL был в log4net, убедитесь, что вы установили регистратор в разделе конфигурации.
Я установил пакет NHibernate в «INFO», чтобы уменьшить шум, а NHibernate.SQL для всех, чтобы можно было регистрировать все операторы SQL.
<logger name="NHibernate">
<level value="INFO" />
</logger>
<logger name="NHibernate.SQL">
<level value="ALL" />
</logger>