Судя по документации последнего выпуска, в Pyevolve, по-видимому, нет никакого пакета ранжирования Pareto.
Если вы хотите реализовать его самостоятельно, вам следует проверить NSGA-II, который является одним из наиболее известныхи лучший рабочий алгоритм для многоцелевой оптимизации.Оригинальную статью, содержащую псевдокод, можно найти здесь: http://sci2s.ugr.es/docencia/doctobio/2002-6-2-DEB-NSGA-II.pdf
Если вы хотите разработать многоцелевые генетические алгоритмы на Python и поскольку разработка Pyevolve довольно утомительна, я бы порекомендовал вам ознакомиться с болееуниверсальная структура с именем DEAP: http://deap.googlecode.com/. Структура уже включает в себя все необходимое для выполнения многоцелевых ГА и предоставляет множество примеров того, как это можно сделать (NSGA-II уже реализована в DEAP).Переход с Pyevolve должен быть легким, так как документация довольно полная.Вы также можете связаться с разработчиками, они очень быстро отвечают на вопросы.