Мое филогенетическое дерево остается радужной палитрой, даже когда код говорит о другой цветовой гамме - PullRequest
Новая
       18

Мое филогенетическое дерево остается радужной палитрой, даже когда код говорит о другой цветовой гамме

1 голос
/ 16 марта 2019

Я делаю филогенетическое дерево в R, используя ape, maps и phytools, и, тем не менее, добился успеха, независимо от того, какого цвета я меняю свой цвет, он сохраняет дерево в качестве цвета палитры радуги. 

jpeg("branch3.jpg", width = 1000, height = 1000)

plotBranchbyTrait(tree2, x.num, type = "fan",
                  mode = c("edges","tips","nodes"), 
                  col = c("midnightblue", "deepskyblue", "turquoise1", 
                          "seagreen1", "springgreen3"), 
                  legend = TRUE, xlims = NULL, cex = 1.5, lwd = 0.5)

dev.off()

когда я использую этот код, я получаю следующее изображение:

when I use this code I get the follow image

Кто-нибудь знает, почему он это делает?

1 Ответ

2 голосов
/ 18 марта 2019

Цвета, предоставленные plotBrancbyTrait, передаются через аргумент palette (см. Руководство по функциям). Вы можете создать палитру с помощью функции colorRampPalette. Например, в вашем случае: 

## Creating a customised palette
my_palette <- colorRampPalette(c("midnightblue", "deepskyblue", "turquoise1", "seagreen1", "springgreen3"))

Затем вы можете передать его в обычном режиме plotBranchbyTrait следующим образом: 

## Plotting branch colors with a personalised palette
plotBranchbyTrait(tree2, x.num, type = "fan",
                  mode = c("edges","tips","nodes"), 
                  palette = my_palette, 
                  legend = TRUE, xlims = NULL, cex = 1.5, lwd = 0.5)
...