У меня есть задание, в котором я должен написать класс Python для представления и манипулирования биологическими последовательностями.Я почти закончил класс, однако мне нужно импортировать последовательности из файлов FASTA, чтобы ввести класс, чтобы он мог их запустить.Чтобы запустить класс в командной строке, мне нужно было создать файл run_me.py, который при запуске в командной строке должен запросить файл FASTA, а затем запустить класс.
Этоконструктор класса:
class Bioseq:
"""Biological sequence class"""
def __init__(self, seq):
self.seq = seq
И вот как далеко я продвинулся с файлом run_me.py:
def read_fasta():
with open(file_name, "r") as fh:
line = fh.readline()
header = ""
seq = ""
while line:
line = line.rstrip('\n')
if ">" in line:
header = line
else:
seq = seq + line
line = fh.readline()
return seq
print(seq)
from TPC2_MR2 import Bioseq
file_name = input("Please enter sequence file name:")
Bioseq = Bioseq(read_fasta())
Bioseq.main()
TPC2_MR2 - это имя модуля класса.Теперь проблема в том, что когда я выполняю файл run_me.py, меня просят указать имя файла FASTA, но после этого последовательность не импортируется в класс.Что мне делать?
Обратите внимание, что я не могу использовать внешние модули Pyhton, такие как Biopython.