Я пытаюсь выяснить, как настроить график, создаваемый функцией plot.CLD на выходе emmeans. Функция plot создает хороший график по умолчанию, но, похоже, не имеет общих настроек plot.cld. Кроме того, я не могу найти документацию plot.CLD, только plot.cld. Я специально хочу добавить отображение компактных букв в качестве меток данных на графике. Я также хотел бы переключить переменные xvar и yvar для поворота графика.
Я использую модель смешанного эффекта lmer для некоторых данных о весе. Я хочу вычислить и вывести на экран компактный буквенный дисплей с настройкой по Тьюки emmeans. Функция cld была разработана для данных типа glht, которые можно визуализировать с помощью plot.cld. Функция cld была представлена в пакете emmeans как CLD.
Функция plot.CLD активна, но не была задокументирована в пакете emmeans. Настройка plot.cld была задокументирована, но аналогичная документация plot.CLD недоступна. Я пытался plot.cld на моем emmeans объекте, но он не был совместим. Единственные функции, которые мне удалось изменить, это xlab= и ylab=. Как ни странно, plot.CLD требует пакет multcompView, но нет документации по этой функции.
library(lme4)
library(lmerTest)
library(multcomp)
library(multcompView)
#Generating means
attach(dataX)
x = lmer(plant_kg_cum2~ (genotype) + (1|rep) )
emmeans(x, list(pairwise~genotype), adjust="tukey", ddf="Satterthwaite", level = 0.95)->emmeans1
#producing compact letter display
cld(emmeans1, sort=FALSE, Letters=c("ABCDEFGHIJKL",LETTERS, letters), which=1) ->CLD1
#plot the compact letter display
plot(CLD1, xlab="kg", ylab="Genotype")
Я даже пытался добавить заголовок, используя main="title", но даже это не увенчалось успехом. Я попытался переключить xvar и yvar в моем фрейме данных, чтобы переориентировать график, изменив порядок столбцов или используя команды x= и y=. Все дали ошибки, сказав, что это произвело NA.