Активировать Анаконду из скрипта bash? - PullRequest
Новая
       6

Активировать Анаконду из скрипта bash?

1 голос
/ 29 марта 2019

Я впервые запускаю R-скрипт в кластере моего университета.Я использую Anaconda для управления своими пакетами R.Я могу успешно запустить скрипт из командной строки, но я получаю ошибку «нет пакета с именем _____», когда я использую скрипт bash для вызова того же кода.

Я много раз искал и нашел этот пост: Команда Conda работает в командной строке, но не в скрипте bash

Поэтому я изменил свой ~ / .bashrc с:

export PATH = "/ home / agarbuzov / anaconda2 / bin: $ PATH"

в:./home/agarbuzov/anaconda2/etc/profile.d/conda.sh

И это не помогло.У меня нет большого опыта использования conda - я просто выполнил несколько заданий в кластере.Любое руководство будет с благодарностью, потому что у меня нет идей здесь.

Вот так выглядит мой тестовый скрипт: 

#!/bin/csh
#PBS -q hotel
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -N tom_bootstraps
#PBS -o tomboot_output.txt
#PBS -e tomboot_err.txt
#PBS -V
#PBS -M ***
#PBS -m abe

source /home/agarbuzov/anaconda2/etc/profile.d/conda.sh

conda activate r_env

Rscript ~/ascripts/1_rWGCNA_bootstrap_test.R

Все нужные мне пакеты отображаются при вызове списка $ conda. 

$conda info

     active environment : r_env
    active env location : /home/agarbuzov/anaconda2/envs/r_env
            shell level : 1
       user config file : /home/agarbuzov/.condarc
 populated config files : /home/agarbuzov/.condarc
          conda version : 4.6.8
    conda-build version : 1.21.3
         python version : 2.7.15.final.0
       base environment : /home/agarbuzov/anaconda2  (writable)
           channel URLs : https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64
                          https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
                          https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64
                          https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/free/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/free/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : /home/agarbuzov/anaconda2/pkgs
                          /home/agarbuzov/.conda/pkgs
       envs directories : /home/agarbuzov/anaconda2/envs
                          /home/agarbuzov/.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/4.6.8 requests/2.21.0 CPython/2.7.15 Linux/2.6.32-696.18.7.el6.x86_64 centos/6.6 glibc/2.12
                UID:GID : 520822:10494
             netrc file : None
           offline mode : False
...