Доступ к переменным Snakemake из правила скрипта Python - PullRequest
Новая
       10

Доступ к переменным Snakemake из правила скрипта Python

0 голосов
/ 29 марта 2019

Я пытаюсь включить скрипт Python в правило Snakemake, я хотел бы передать переменные, определенные в snakefile, в скрипт, который я запускаю.Я попытался вспомнить их с тем же именем, что и в Snakefile, но это не сработало.Я пропускаю какие-либо расширения или что-то в этом роде?

Версия Snakemake: 5.3.0

Snakefile: 

var="My_variable"


rule printVariable:
    input:
    output:
         'My_variable'
    script:
         "path/to/script.py"

script.py: 

#!/usr/bin/python3

open(var, "w+")

Я ожидаю, что мой скрипт на python может перехватить переменную и использовать ее для создания файла с именем

...