это мой первый пост здесь, поэтому, пожалуйста, прости меня за любые ошибки:)
Я недавно пытался работать с двумя биоинформационными пакетами в Терминале и недавно пытался установить их с помощью команды:
make install
Это привело к ошибкам при установке!
На других сайтах я читаю предложения по этой проблеме, используя
conda uninstall libtiff
но это не работает.Я понял, что проблема где-то в make-файлах.Я не уверен, как дальше подходить к этой проблеме, не ломая мою систему.Есть ли какие-либо предложения о том, как действовать?
root@debian:/home/jonathan7/diamond-0.8.38/bin# cmake ..
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /home/jonathan7/diamond-0.8.38/bin
root@debian:/home/jonathan7/diamond-0.8.38/bin# make install
[ 1%] Linking CXX executable diamond
/usr/bin/ld: CMakeFiles/diamond.dir/src/dp/greedy_align.cpp.o: in function `greedy_align(sequence, Long_score_profile const&, Bias_correction const&, sequence, __gnu_cxx::__normal_iterator<Seed_hit const*, std::vector<Seed_hit, std::allocator<Seed_hit> > >, __gnu_cxx::__normal_iterator<Seed_hit const*, std::vector<Seed_hit, std::allocator<Seed_hit> > >, bool, Hsp_data&, Hsp_traits&)':
greedy_align.cpp:(.text+0x36d9): undefined reference to `Fixed_score_buffer<int> const& needleman_wunsch<int, Local>(sequence, sequence, int&, Local const&, int const&)'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [CMakeFiles/diamond.dir/build.make:910: diamond] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:73: CMakeFiles/diamond.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:130: all] Error 2
root@debian:/home/jonathan7/diamond-0.8.38/bin# make install
[ 1%] Linking CXX executable diamond
/usr/bin/ld: CMakeFiles/diamond.dir/src/dp/greedy_align.cpp.o: in function `greedy_align(sequence, Long_score_profile const&, Bias_correction const&, sequence, __gnu_cxx::__normal_iterator<Seed_hit const*, std::vector<Seed_hit, std::allocator<Seed_hit> > >, __gnu_cxx::__normal_iterator<Seed_hit const*, std::vector<Seed_hit, std::allocator<Seed_hit> > >, bool, Hsp_data&, Hsp_traits&)':
greedy_align.cpp:(.text+0x36d9): undefined reference to `Fixed_score_buffer<int> const& needleman_wunsch<int, Local>(sequence, sequence, int&, Local const&, int const&)'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [CMakeFiles/diamond.dir/build.make:910: diamond] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:73: CMakeFiles/diamond.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:130: all] Error 2
В целом, я думаю, что мне нужно исправить файл make не только для этой установки, но и для других пакетов, которые используют этот ввод.
Спасибо за любую помощь или предложения!