проблема с циклическим просмотром списка в скрипте R Snakemake - PullRequest
Новая
       10

проблема с циклическим просмотром списка в скрипте R Snakemake

2 голосов
/ 21 мая 2019

Я попытался перебрать список в сценарии R в правиле создания змеи, как в следующем файле змеи, но получил ошибки. 

from snakemake.utils import R

rule test:
    run:
        R("""
            print("hello!")
            a = c(1, 2, 3)
            for (i in a)
            {
                print(i)
            }
        """)

Вот ошибки. 

RuleException:
NameError in line 12 of Snakefile:
The name '\n    print(i)\n' is unknown in this context. Please make sure that you defined that variable. Also note that braces not used for variable access have to be escaped by repeating them, i.e. {{print $1}}
File "Snakefile", line 12, in __rule_test
File "~/miniconda/envs/py36/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py", line 56, in run
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Shutting down, this might take some time.

Код не дал ошибок, когда я запустил его непосредственно в R. У кого-нибудь есть идеи, что случилось? Спасибо.

1 Ответ

4 голосов
/ 21 мая 2019

{ и } используются для вызова переменных в snakemake, даже в команде run.
Вы должны удвоить их, чтобы избежать их.

Сообщение об ошибке информативно:

Имя '\ n print (i) \ n' в этом контексте неизвестно. Пожалуйста, сделай уверен, что вы определили эту переменную. Также обратите внимание, что брекеты не используются для доступа к переменной необходимо избежать, повторяя их, то есть {{print $ 1}}

Итак, ваш код должен выглядеть так: 

from snakemake.utils import R

rule test:
    run:
        R("""
            print("hello!")
            a = c(1, 2, 3)
            for (i in a)
            {{
                print(i)
            }}
        """)
...