Установить Fails - R пакет Boom 0.9 на Ubuntu 18.04 - PullRequest
Новая
       4

Установить Fails - R пакет Boom 0.9 на Ubuntu 18.04

1 голос
/ 17 июня 2019

Я не могу установить Boom 0.9 на Ubuntu 18.04, Boom 0.8 устанавливается без проблем.Однако нам нужно 0,9 в качестве предварительного условия для CausalImpact. 

g++: internal compiler error: Killed (program cc1plus)
Please submit a full bug report,
with preprocessed source if appropriate.
See <file:///usr/share/doc/gcc-7/README.Bugs> for instructions.
/usr/lib/R/etc/Makeconf:176: recipe for target 'Models/Glm/PosteriorSamplers/fill_poisson_mixture_approximation_table_2.o' failed
make[1]: *** [Models/Glm/PosteriorSamplers/fill_poisson_mixture_approximation_table_2.o] Error 4
make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[1]: Leaving directory '/tmp/RtmpKl6J7B/R.INSTALL90e7ca998b2/Boom/src'
ERROR: compilation failed for package 'Boom'
* removing '/usr/local/lib/R/site-library/Boom'

The downloaded source packages are in
	'/tmp/RtmpIk7UFT/downloaded_packages'
Warning message:
In install.packages("Boom") : installation of one or more packages failed,
  probably 'Boom'

Я удостоверился, что build-essential обновлен до самой последней доступной версии (и также пробовал g ++ - 8).

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 19 июня 2019

Я думаю, что кто-то из вашей организации уже связывался со мной по этому поводу. Мы в середине полета отладки.

Бум - это большой пакет, который может истечь во время сборки. Первое, что нужно проверить, это то, что вы можете собрать с несколькими ядрами (т.е. вы можете передать флаг -j x, чтобы сделать).

В качестве диагностики вы можете попробовать собрать пакет без участия R. Clone https://github.com/steve-the-bayesian/BOOM и собрать с помощью bazel (в актуальном состоянии) или make (не слишком устаревшим). Если эта сборка завершится успешно, сравните флаги, переданные в сборку R, с собственной сборкой.

Чтобы лучше понять, где происходит сбой R, загрузите пакет Boom с CRAN https://cran.r -project.org / src / contrib / Boom_0.9.1.tar.gz и попробуйте выполнить следующее из командной строки R CMD CHECK Boom_0.9.1.tar.gz

Возможно, это не удастся, но он сгенерирует каталог с именем Boom.Rcheck, который содержит файл 00install.out, содержащий все выходные данные компилятора.

Подозрительно, что приведенная выше сборка не удалась для poisson_mixture_approximation_table, которая представляет собой большой файл, который может переполнять ваш стек. Или это может быть совпадением.

0 голосов
/ 18 июня 2019

Взгляните на: https://cran.r -project.org / web / check / check_results_Boom.html

На странице проверки указано, что 'GNU make' является необъявленным требованием System.

Версия: 0.9.1 Проверьте: для расширений GNU в Makefiles Результат: ПРИМЕЧАНИЕ GNU make - это системные требования.

Поскольку ваш процесс установки также кажется неудачным при make [1], возможно, имеет смысл проверить, установлен ли GNU make.

...