Агрегирование множества столбцов метаданных из одного объекта GRanges в другой - PullRequest
Новая
       36

Агрегирование множества столбцов метаданных из одного объекта GRanges в другой

0 голосов
/ 31 марта 2019

У меня есть один объект GRanges с тысячами столбцов оценок ( tomap ), а другой - с интересующими регионами и без метаданных ( roi ).Я пытаюсь сопоставить максимальный балл из каждого столбца в tomap с соответствующим интервалом в roi .

Я также хочу сохранить имена столбцов партитуры (в моих реальных данных это значимые имена, которые не могут быть обобщены, например, Score1, Score2 и т. д.).Я могу сделать это для определенных столбцов, но изо всех сил пытаюсь обобщить это для каждого столбца.

Вот что я получил до сих пор: 

library(GenomicRanges)
tomap <- GRanges(
    seqnames = Rle(c("chr1"), c(10)),
    ranges = IRanges(1:10*10, end = 1:10*10+5),
    score1 = runif(10),score2=runif(10),score3=runif(10),score4=runif(10),score5=runif(10))

roi <- GRanges(
    seqnames = Rle(c("chr1"), c(5)),
    ranges = IRanges(1:5*20 + floor(runif(5)*4), width = 10))

hits <- findOverlaps(roi, tomap, ignore.strand = TRUE)

ans<-roi
mcols(ans) <- aggregate(tomap, hits, score1=max(score1), score2= max(score2))

ans
#GRanges object with 5 ranges and 3 metadata columns:
#      seqnames    ranges strand |             grouping            score1            score2
#         <Rle> <IRanges>  <Rle> | <ManyToManyGrouping>         <numeric>         <numeric>
#  [1]     chr1     22-31      * |                  2,3 0.326366489753127 0.925836584065109
#  [2]     chr1     42-51      * |                  4,5  0.92806151532568 0.897841389290988
#  [3]     chr1     62-71      * |                  6,7 0.980487102875486 0.940743445185944
#  [4]     chr1     83-92      * |                  8,9 0.798293181695044 0.381754550151527
#  [5]     chr1   101-110      * |                   10 0.872806148370728 0.953412540955469

Как видите, это работает, когдаЯ указываю каждый столбец оценки индивидуально, но как мне сделать это для тысяч столбцов?

...