Я пытаюсь выполнить выбор функции с помощью ANOVA в R. В настоящее время у меня есть большая матрица (с именем expressionMarix ), где хранятся мои профили выражений, и коэффициент (с именем Labels). ) где представлены 4 вида заболеваний.
expressionMatrix выглядит так:
1007_s_at 1053_at 117_at 121_at 1255_g_at
GSM1304852 2.394537 0.10510845 -0.4597124 0.9333566 -0.23991384
GSM1304853 2.275184 0.06160802 -0.5231035 1.1318090 0.10112324
GSM1304854 2.161163 0.34217618 -0.4436059 0.9975700 -0.04087979
GSM1304855 1.964183 0.35939157 -0.6370277 1.0079778 -0.21851374
GSM1304856 2.132253 0.22356958 -0.3511470 0.9720455 -0.29917857
Где столбцы - гены, а строки - образцы.
Есть ли пакет, который позволяет мне выбирать соответствующие столбцы, используя ANOVA?
Мой текущий код выглядит так:
modelAnova <- aov(expressionMatrix ~ Labels)
sumAnova <- summary(modelAnova)
pValList <- list()
i = 1
while(i < dim(Mstriat)[1]){
print(i)
pValList[i] <- sumAnova[[i]][["Pr(>F)"]][1]
i <- i+1
}
keepers<-which(cValList<0.05)
Но цикл for действительно занимает много времени. Есть ли более эффективный метод?