Вы можете использовать BoxAnnotation
для этого. Одним из преимуществ является то, что он всегда охватывает всю высоту участка.
from bokeh.plotting import figure, show
from bokeh.models import BoxAnnotation
p = figure(plot_width=400, plot_height=400)
p.line([1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12], [1, 3, 2, 8, 2, 1, 2, 3, 1, 9, 1, 2], line_width=2)
b1 = BoxAnnotation(left=3, right = 5, fill_color = 'red', fill_alpha = 0.5)
b2 = BoxAnnotation(left=9, right = 11, fill_color = 'green', fill_alpha = 0.5)
p.add_layout(b1)
p.add_layout(b2)
p.text([4, 10], [0, 0], ['area1', 'area2'], y_offset = -10, x_offset = -20)
show(p)