Я новичок в R. У меня есть данные uBiome (в csv), которые я хочу преобразовать в Phyloseq.Я пытался использовать этот пакет R под названием Actino , но всякий раз, когда я использую функцию actino::experiment_to_phyloseq(), появляется сообщение «Ошибка: каждая строка вывода должна быть идентифицирована уникальной комбинацией клавиш».Также говорится, что «ключи используются для 2956 строк» вместе со списком пар строк.
У меня есть два файла: файл csv (taxannotation.csv) и файл карты (mapfile.csv).Мой CSV-файл содержит столбцы ssr, tax_name, tax_rank, count и процент.
taxannotation.csv
mapfile содержит ssrs в первом столбце, аналогичном ssrs в файле csv, а также другие атрибуты.
Я использую код
taxannotation.ps<-experiment_to_phyloseq(taxannotation,mapfile)
Хотя ssrs в моем CSV-файле повторяются в разных строках, я считаю, что другие столбцы, такие как tax_name, tax_rank, count и процентвсе дают различную идентичность каждой строке.
Уже пытались найти ответ, но так и не нашли такого, который был бы информативным или полезным.