Обычная причина, по которой это происходит, в том, что PyDev получает информацию о завершении кода, создавая оболочку python и связываясь с ней, чтобы он импортировал модуль и сделал несколько dir вызовов в нем или его классах для получения информации (а затем, иногда модуль ведет себя неправильно, так что сам факт его импорта или получения его содержимого приводит к сбою оболочки Python).
Обычно журнал ошибок содержит информацию о том, какой модуль загружался, когда это происходит (см. http://www.pydev.org/faq.html#HowdoIReportaBUG, чтобы узнать, как получить доступ к журналу ошибок), чтобы вы могли отследить его.