Я пытаюсь отобразить график вывода моих данных phyloseq / deseq2 (Log2FoldChange для y и имя вида на x) в ggplot, и я хотел бы иметь возможность упорядочить их по автотрофам и гетеротрофам, а также по значению max-min.У меня есть столбец, который я добавил в файл Taxa с именем «Trophic».
Фрагмент файла Taxa
Конвейер превращает объект phyloseq в объект deseq, и этогде вступает Log2FoldChange.
фрагмент вывода deseq
Затем они объединяются, с чем я и работаю.( Вот учебник , если вам нужно больше)
У меня есть этот код, который, я думаю, упорядочивает виды по убыванию Log2FoldChange и выдает график типа this .
x = tapply(sigtab$log2FoldChange, sigtab$Species, function(x) max(x))
x = sort(x, TRUE)
sigtab$Species = factor(as.character(sigtab$Species), levels=names(x)
Однако я не совсем уверен, как изменить это, чтобы отсортировать их сначала по трофическому статусу, а затем по видам и затем нанести на график как таковой.
Iв основном хотел бы иметь возможность иметь две "стороны" одного и того же графа (auto, а затем hetero), оба упорядочены от максимального значения до минимального значения Log2FoldChange.
Может кто-нибудь помочь мне разобраться?