Невозможно установить Snakemake ни в командной строке, ни в командной строке anaconda

Question

Я пытаюсь установить Snakemake.

Когда я пытаюсь использовать pip, я получаю следующее сообщение об ошибке:

ОШИБКА: полный вывод команды 'C: \Python \ Python37 \ python.exe '-u -c' импортировать setuptools, tokenize; file = '"'" 'C: \ Users \ ANGELA ~ 1 \ AppData \ Local \ Temp \ pip-install-1kbp7voq \ datrie \ setup.py '"'" '; f = getattr (tokenize,' "'"' open '"'" ', open) ( file ); code = f.read ().replace ('"'" '\ r \ n' "'"', '"'" '\ n' "'"'); f.close (); exec (compile (code, file * 1011)*, '"' 'exec'" '"')) 'install --record' C: \ Users \ ANGELA ~ 1 \ AppData \ Local \ Temp \ pip-record-_eliva3i \ install-record.txt '-одиночная версия-внешне управляемая --compile: ОШИБКА: запущена установка, запущена сборка, запущена build_clib, создана библиотека libdatrie, создана сборка, создана build \ temp.win-amd64-3.7, создана build \ temp.win-amd64-3.7 \ libdatrie, создана сборка\ temp.win-amd64-3.7 \ libdatrie \ datrie C: \ Program Files (x86) \ Microsoft Visual Studio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.21.27702 \ bin \ HostX86 \ x64 \ cl.exe / c/ пologo / Ox / W3 / GL / DNDEBUG / MD -Ilibdatrie "-IC: \ Program Files (x86) \ Microsoft Visual Studio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.21.27702 \ ATLMFC \ include" "-IC:\ Program Files (x86) \ Microsoft Visual Studio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.21.27702 \ include "/Tclibdatrie\datrie\alpha-map.c / Fobuild \ temp.win-amd64-3.7 \ libdatrie \datrie \ alpha-map.obj alpha-map.c libdatrie \ datrie \ alpha-map.c (27): фатальная ошибка C1083: не удается открыть файл включения: 'ctype.h': такого файла или каталога нет: ошибка 'команда' C: \ Program Files (x86) \ Microsoft Visual Studio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.21.27702 \ bin \ HostX86 \ x64 \ cl.exe 'завершилась ошибкой с состоянием выхода 2 ---------------------------------------- ОШИБКА: Команда "'C: \ Python \ Python37 \ python.exe" -u -c 'import setuptools, tokenize; file =' "'"' C: \ Users \ ANGELA ~ 1 \ AppData \ Local \ Temp \ pip-install-1kbp7voq \ datrie \ setup.py '"'" "'; f = getattr (tokenize,' "'"' open '"'" ', open) ( file ); code = f.read (). replace (' "'"' \ r \n '"'" ',' "'"' \ n '"'" '); f.close (); exec (compile (code, file *)1017 *, '"'" 'exec' "'"')) 'install --record' C: \ Users \ ANGELA ~ 1 \ AppData \ Local \ Temp \ pip-record-_eliva3i \ install-record.txt '--single-version-внешне управляемый --compile "не удалось с кодом ошибки 1 в C: \ Users \ ANGELA ~ 1 \ AppData \ Local \ Temp \ pip-install-1kbp7voq \ datrie \

Я скачал инструменты сборки C ++ и python для MS Visual Studio 2019. Я также обновил инструменты установки.

Когда я пытаюсь установить, используя приглашение anaconda, я получаю следующее:

PackagesNotFoundError: Следующие пакеты недоступны по текущим каналам:

• snakemake -> pygraphviz

$ conda install pygraphviz

такжевыдает то же сообщение, и я добавил conda-forge к каналам.

Answer 1

Согласно этой проблеме , snakemake в настоящее время не может быть установлен сразу с помощью pip под python3.7. Его зависимость datrie не может быть установлена ​​автоматически.

При обсуждении проблемы предлагается обходной путь: сначала установите datrie из git, затем snakemake:

pip3 install git+https://github.com/pytries/datrie.git
pip3 install snakemake

Answer 2

conda install -c bioconda snakemake

Пакет находится в канале bioconda.Хорошей практикой является поиск https://anaconda.org/ и поиск любых новых пакетов, которые вы хотите установить, так как веб-сайт на самом деле скажет вам, в каком канале находится пакет.

Answer 3

PyPI

Ошибка pip имеет некоторые связанные вопросы (например, Невозможно открыть включаемый файл: 'ctype.h': такого файла или каталога нет ), но я не видел каких-либо решений, специфичных для VS2019 , И старые решения, кажется, имеют различные причины, которые для меня звучат как бардак.

Конда

Я бы все еще попробовал маршрут Конды. Проблема здесь в том, что для стандартной сборки Snakemake требуется pygraphviz, и она недоступна для платформы win-64 через любой из ваших каналов.

Нет Graphviz

Самая простая альтернатива - выбрать пакет snakemake-minimal, который не имеет зависимости pygraphviz. Единственное, для чего Snakemake использует Graphviz, - это создание графиков DAG, которые, по моему опыту, практически бесполезны ни для чего, кроме тривиальных конвейеров. Минимальная версия также не включает поддержку удаленных файлов (например, интерфейс DropBox) и создание необычных отчетов. Итак, если вам просто нужна базовая функциональность, запустите

conda install snakemake-minimal

(Полагаю, у вас уже есть каналы Bioconda + Conda Forge.)

Graphviz

Если вы действительно хотите сюжет Graphviz или другие дополнения, вы можете попробовать что-то вроде

conda activate
conda install graphviz pip
pip install pygraphviz
conda install snakemake

То есть обязательно используйте pip в вашем Conda env и используйте его только для установки pygraphviz. Однако использование PyPI и Conda может привести к нестабильной работе env .

В Anaconda Cloud есть несколько пользовательских каналов, которые имеют win-64 сборок pygraphviz, но я не рекомендую использовать источники из случайных пользовательских каналов, если вы им не доверяете.

Answer 4

Ошибка показывает, что пакет, который вы пытаетесь установить, использует компилятор Microsoft VCC

 No such file or directory error: command 'C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio\2019\Community\VC\Tools\MSVC\14.21.27702\bin\HostX86\x64\cl.exe' failed with exit status 2 

Установите Microsoft Visual Studio 2019 для решения этой проблемы