Вы можете использовать connected.ppp
для поиска подключенных компонентов и идентификации синглетонов таким образом (извините за быстрый незакомментированный код):
library(spatstat)
## Points within distance R are connected.
## This should happen when two discs of radius r=0.03 touch each other,
## i.e., R=r+r=0.06:
cc <- connected(redwood, R=0.06)
s <- split(cc)
np <- sapply(s, npoints)
X <- s[np==1]
X <- unmark(superimpose(X))
Y <- s[np>1]
Y <- unmark(superimpose(Y))
plot(dilation(X, 0.03), main = "", col = "orange")
plot(dilation(Y, 0.03), add = TRUE)