Я пытаюсь написать цикл, который дает мне список всех p-значений и всех филогенетически исправленных p-значений из нескольких итераций филогенетической MANOVA с использованием гейгера. Я могу извлечь не исправленные p-значения без проблем, но я продолжаю получать сообщение об ошибке «индекс за пределами» при попытке извлечь исправленное значение. Любые идеи о том, как это сделать, будут высоко оценены. Я получаю ту же проблему при попытке сделать это с примером кода из пакета Geiger.
Код, который я использую, в основном такой же, как этот, который извлекает p-значение, как я желаю:
library(geiger)
geo=get(data(geospiza))
dat=geo$dat
d1=dat[,1]
grp<-as.factor(c(rep(0, 7), rep(1, 6)))
names(grp)=rownames(dat)
x=aov.phylo(dat~grp, geo$phy, nsim=50, test="Wilks")
print(attributes(x)$summary) # summary table
xs <- summary(x)
pp <- xs$stats
pp[1,6]
Но когда я изменяю его, чтобы получить филогенетически исправленное p-значение, я получаю ошибку "индекс вне границ"
pp[1,7]