Использование переменной r в параметре, который ожидает функцию - PullRequest
0 голосов
/ 27 апреля 2019

У меня есть цикл по именам столбцов, который возвращает символ переменной. Я хотел бы использовать переменную в параметре, который ожидает функцию.

Не работает

i = "Cooling"
temp = phyloseq_to_deseq2(p2, ~i)}

Работы

temp = phyloseq_to_deseq2(p2, ~Cooling)

Не работает

temp = phyloseq_to_deseq2(p2, ~"Cooling")}

Приведенный ниже вопрос подчеркивает проблему: ссылка на str не является объектом r в функции. Phyloseq_to_deseq2 требует пакета phyloseq. Как я могу использовать переменную в функции, которая ожидает функцию в параметре?

R: указание имени переменной в параметре функции для функции общего (универсального) использования

1 Ответ

0 голосов
/ 01 мая 2019

Спасибо @joran в комментариях. Использование функции as.formula в строке, содержащей ~, передало функцию в качестве параметра.

my_formula = as.formula("~Cooling")
temp = phyloseq_to_deseq2(p2, my_formula}
...