Значок приложения будет отображаться в OS X Dock, пока приложение не войдет в свой основной цикл событий и не начнет реагировать на ввод пользователя. Поскольку ваш сценарий, вероятно, не запускает цикл событий Carbon или Cocoa (см. Документацию для Carbon Event Manager и NSApplication соответственно), Dock непрерывно ожидает, ожидая появления обычного приложения GUI переднего плана.
Инструмент для работы со сценариями, с которым я добился успеха: Platypus . Он может запускать свой собственный цикл событий во время выполнения вашего скрипта и делать ряд других удобных вещей.