PlasmidSeeker, Perl-скрипт не может быть запущен из-за ошибки «Отказано в доступе» - PullRequest
0 голосов
/ 04 июля 2019

После установки PlasmidSeeker в LinuxMint19 я не могу запустить его Perl-скрипт

Это всегда «Отказано в доступе», хотя я дал все разрешения для plasmidseeker.pl

sudo perl plasmidseeker.pl -d db_w20/ -i TH19_1.filtered.fastq -b cereus-ATCC14579.fasta

Вывод

Загрузка базы данных ... Преобразование образцов чтения в k-мерс ... Невозможно выполнить "/ home / fox / PlasmidSeeker / GenomeTester4 / glistmaker": разрешениеотказано в строке 275 plasmidseeker.pl. Невозможно выполнить "/ home / fox / PlasmidSeeker / GenomeTester4 / glistcompare": разрешение запрещено в строке 277 plasmidseeker.pl. Обнаружение покрытия бактериального изолята ... Невозможно выполнить "/ home /fox / PlasmidSeeker / GenomeTester4 / glistmaker ": отказано в доступе на линии plasmidseeker.pl 283. Невозможно выполнить" / home / fox / PlasmidSeeker / GenomeTester4 / glistcompare ": отказано в доступе на линии 152 plasmidseeker.plhome / fox / PlasmidSeeker / GenomeTester4 / glistcompare ": отказано в доступе на линии plasmidseeker.pl 153. Невозможно выполнить" / home / fox / PlasmidSeeker / GenomeTester4 / glistcompare ": отказано в разрешенииasmidseeker.pl, строка 159. Невозможно выполнить "/ home / fox / PlasmidSeeker / GenomeTester4 / glistcompare": в доступе по линии plasmidseeker.pl 160 отказано в доступе. Медианный охват бактерий равен 0 Медианный охват бактерий слишком низок (менее 3).Требуется набор данных с более высоким охватом или используйте флаг --ponly в строке 287. plasmidseeker.pl.

Я нашел Google для возможных решений, но ничего не нашел.Может ли кто-нибудь, кто имеет опыт работы с биоинформатикой и Perl, помочь мне?Большое спасибо.

1 Ответ

2 голосов
/ 04 июля 2019

Я дал все разрешения для plasmidseeker.pl

Но это не то, на что жалуется сообщение об ошибке, не так ли? Присмотритесь.

Невозможно выполнить "/ home / fox / PlasmidSeeker / GenomeTester4 / glistmaker": в линии plasmidseeker.pl 275 отказано в разрешении.

Невозможно выполнить "/ home / fox / PlasmidSeeker / GenomeTester4 / glistcompare": в доступе к строке plasmidseeker.pl 277 отказано.

Программы, которые не могут быть запущены: /home/fox/PlasmidSeeker/GenomeTester4/glistmaker и /home/fox/PlasmidSeeker/GenomeTester4/glistcompare. Это те разрешения, которые вам нужно исправить.

Важно, конечно, читать сообщения об ошибках. Но важнее их понять: -)

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...