Попытка вызвать плагин ImageJ с PyImageJ. Может кто-нибудь, пожалуйста, дайте мне знать, что мне не хватает или что я сделал не так? - PullRequest
Новая
       7

Попытка вызвать плагин ImageJ с PyImageJ. Может кто-нибудь, пожалуйста, дайте мне знать, что мне не хватает или что я сделал не так?

0 голосов
/ 20 июня 2019

Я пытаюсь зарегистрировать два изображения ячеек на ImageJ. Я пытаюсь создать скрипт Python, который откроет ImageJ внутри скрипта, выполнит регистрационный плагин, а затем продолжит.

Я пробовал следовать вместе с этим ядром, используя PyimageJ: https://nbviewer.jupyter.org/github/imagej/tutorials/blob/master/notebooks/1-Using-ImageJ/6-ImageJ-with-Python-Kernel.ipynb

from jnius import autoclass
WindowManager = autoclass('ij.WindowManager')


plugin = 'Rigid Registration'
args = { 
    'initialtransform': [],
    'n': 1,
    'tolerance': 1.000,
    'level': 4,
    'stoplevel': 2,
    'materialcenterandbbox': [],
    'level': [],
    'showtransformed': 1,
    'template': '[Transformed blobs-1.gif]',
    'measure': 'Correlation'
    'transformed_0'
    #'transformed_1':1
}

result = ij.py.run_plugin(plugin, args)
print(result)

Я надеюсь, что два изображения, которые я пропущу, пройдут регистрацию и вернут мне результат. Результатом должны быть матрица и зарегистрированное изображение. Меня больше интересует только изображение.

...