Я хотел бы сравнить каждый узел филогенетического дерева с другим деревом и получить расстояние между ними. В конечном счете я также хотел бы, чтобы печатались только расстояния, которые меньше определенного уровня. (Pycharm)
Это пример дерева, которое я использую, чтобы получить код, а затем я буду использовать его для «настоящего» дерева.
from ete3 import Tree
nw = '(((A:0.1, B:0.01):0.001, C:0.0001):1.0, (((((D:0.00001, I:0):0, F:0):0,G:0),H:0): E:0.000001):0.0000001):2.0;'
t = Tree(nw)
print(t)
print("The distance between A and C is", t.getdistance("A", "C))
Результат: The distance between A and C is 0.10110000000000001
Итак, я хотел бы получить это для каждого узла, так что A против B, A против D, A против E, D против E, F против G, ...
А потом я хотел бы исключить результаты, расстояние которых превышает 0,8