Лучшее, что я смог сделать на данный момент, - это преобразовать кадр данных h2o обратно в кадр pandas, а затем обратно в h2o, указав новые типы столбцов для нужных столбцов. Например.
frame_in_h2o = h2o.H2OFrame(
frame_in_h2o.as_data_frame(),
column_types={
u'C': u'enum'
})