Как разделить пополам pydicom файлы (изображения) с помощью python?

Question

У меня много картинок (pydicom файлов). Я хотел бы разделить пополам. Из 1 изображения мне бы хотелось 2 изображения: часть слева и часть справа.

Ввод: 1000x1000 Выход: 500x1000 (ширина х высота).

В настоящее время я могу только читать файл.

ds = pydicom.read_file(image_fps[0]) # read dicom image from filepath 

Первая часть, я хотел бы положить половину в одну папку, а другую половину в секунду Вот что у меня есть: введите описание изображения здесь Это то, что я хочу: введите описание изображения здесь

Я использую Mask-RCNN для решения проблемы локализации объекта. Я хотел бы обрезать 50% размера изображения (файл pydicom).

EDIT1:

import SimpleITK as sitk
    filtered_image = sitk.GetImageFromArray(left_part)
    sitk.WriteImage(filtered_image, '/home/wojtek/Mask/nnna.dcm', True)

У меня есть файл dicom, но я не могу его отобразить.

this transfer syntax JPEG 2000 Image Compression (Lossless Only), can not be read because Pillow lacks the jpeg 2000 decoder plugin

Answer 1

После того, как вы выполнили pydicom.dcm_read(), ваши пиксельные данные доступны в ds.pixel_array. Вы можете просто нарезать нужные данные и сохранить их в любой подходящей библиотеке. В этом примере я буду использовать matplotlib, поскольку я также использую его для проверки правильности нарезки. Подстраивайтесь под свои нужды, очевидно, вам нужно создать правильный путь / имя файла для сохранения. Повеселись! (этот сценарий предполагает, что пути к файлам доступны в переменной paths)

import pydicom
import matplotlib

# for testing if the slice is correct
from matplotlib import pyplot as plt

for path in paths:
    # read the dicom file
    ds = pydicom.dcmread(path)

    # find the shape of your pixel data
    shape = ds.pixel_array.shape
    # get the half of the x dimension. For the y dimension use shape[0]
    half_x = int(shape[1] / 2)

    # slice the halves
    # [first_axis, second_axis] so [:,:half_x] means slice all from first axis, slice 0 to half_x from second axis
    left_part  = ds.pixel_array[:, :half_x]
    right_part = ds.pixel_array[:,half_x:]

    # to check whether the slices are correct, matplotlib can be convenient
    # plt.imshow(left_part); do not do this in the loop

    # save the files, see the documentation for matplotlib if you want a different format
    # bmp, png are surely supported

    path_to_left_image = 'generate\the\path\and\filename\for\the\left\image.bmp'
    path_to_right_image = 'generate\the\path\and\filename\for\the\right\image.bmp'
    matplotlib.image.imsave(path_to_left_image, left_part)
    matplotlib.image.imsave(path_to_right_image, right_part)

Если вы хотите сохранить файлы DICOM, имейте в виду, что они могут быть недействительными DICOM, если вы не обновите соответствующие данные. Например, UID экземпляра SOP технически не может быть таким же, как в исходном файле DICOM, или любого другого UID экземпляра SOP в этом отношении. Насколько это важно, зависит от вас.

С помощью скрипта, подобного приведенному ниже, вы можете определить именованные фрагменты и разбить любой файл изображения dicom, который он найдет в указанном пути, на соответствующие фрагменты.

import os
import pydicom
import numpy as np

def save_partials(parts, path_to_directory):
    """
    parts: list of tuples, each tuple specifying a name and a list of four slice offsets
    path_to_directory: path to directory containing dicom files
    any file with a .dcm extension will have its image data split into the specified slices and saved accordingly. 
    original file will not be modified
    """

    dir_content = [os.path.join(path_to_directory, item) for item in os.listdir(path_to_directory)]
    files = [i for i in dir_content if os.path.isfile(os.path.join(path_to_directory, i))]
    for file in files:
        root, extension = os.path.splitext(file)
        if extension.lower() != '.dcm':
            # not a .dcm file, continue with next iteration of loop
            continue
        for part in parts:
            ds = pydicom.read_file(file)
            if not isinstance(ds.pixel_array, np.ndarray):
                # no image data available
                continue
            part_name = part[0] 
            p = part[1] # slice list
            ds.PixelData = ds.pixel_array[p[0]:p[1], p[2]:p[3]].tobytes()
            ds.Rows = p[1] - p[0]
            ds.Columns = p[3] - p[2]
            ##
            ## Here you can modify any tags using ds.KeyWord
            ##
            new_file_name = "{r}-{pn}{ext}".format(r=root, pn=part_name, ext=extension)
            ds.save_as(new_file_name)
            print('saved {}'.format(new_file_name))


dir_path = '/home/wojtek/Mask'
parts = [('left', [0,512,0,256]),
         ('right', [0,512,256,512])]

save_partials(parts, dir_path)