Вы можете получить html-код графика с помощью file_html
и записать вывод в файл, используя стандартные операции Python.
from bokeh.plotting import figure, show
from bokeh.resources import CDN
from bokeh.embed import file_html
p = figure(plot_width=400, plot_height=400)
# add a circle renderer with a size, color, and alpha
p.circle([1, 2, 3, 4, 5], [6, 7, 2, 4, 5], size=20, color="navy", alpha=0.5)
# show the results
show(p)
html = file_html(p, CDN, "myplot")
outFile = open('/home/jasper/Dropbox/plot.html', 'w')
outFile.write(html)
outFile.close()