Будет ли установка архива tar.bz2 из Репозитория пакета Anaconda включать зависимости?
conda install <package_name>.tar.bz2
нет не будет. Один из возможных вариантов - загрузить все необходимые вам tarballs, поместить их в Anaconda3/pkgs (или miniconda3/pkgs), а затем запустить установку в автономном режиме
Anaconda3/pkgs
miniconda3/pkgs
conda install --offline <package_name>