Невозможно загрузить текстовый файл с помощью scanpy - PullRequest
0 голосов
/ 08 июля 2019

В настоящее время я работаю по геномике рака, где мне нужно загрузить текстовый файл Cytoband.txt с помощью scanpy read. Я получаю следующую ошибку:

ValueError: не удалось преобразовать строку в число с плавающей точкой: 'p36.32'

Структура Cytoband.txt:

Column      Data Type       Description
chrom       string          Chromosome
chromStart  integer         Start position in chromosome sequence
chromEnd    integer         End position in chromosome sequence
name        string          Name of cytogenetic band
gieStain    string          Giemsa stain results. Recognized stain 

Я пытался изменить dtype на целое число.

Ниже мой код:

import scanpy.api
filename=r"C:\Users\SOUMITA\Desktop\Thesis\cytoBand.txt\cytoBand.txt"
#a=scanpy.api.read(filename, delimiter=None, first_column_names=None)
sc.read_text(filename, delimiter=None, first_column_names=None)
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...