В настоящее время я работаю по геномике рака, где мне нужно загрузить текстовый файл Cytoband.txt с помощью scanpy read. Я получаю следующую ошибку:
ValueError: не удалось преобразовать строку в число с плавающей точкой: 'p36.32'
Структура Cytoband.txt:
Column Data Type Description
chrom string Chromosome
chromStart integer Start position in chromosome sequence
chromEnd integer End position in chromosome sequence
name string Name of cytogenetic band
gieStain string Giemsa stain results. Recognized stain
Я пытался изменить dtype на целое число.
Ниже мой код:
import scanpy.api
filename=r"C:\Users\SOUMITA\Desktop\Thesis\cytoBand.txt\cytoBand.txt"
#a=scanpy.api.read(filename, delimiter=None, first_column_names=None)
sc.read_text(filename, delimiter=None, first_column_names=None)