Ошибка в betadisper (disdentifity_matrix ~ Group): расстояния 'd' должны быть объектом 'dist' - PullRequest
Новая
       32

Ошибка в betadisper (disdentifity_matrix ~ Group): расстояния 'd' должны быть объектом 'dist'

0 голосов
/ 28 мая 2019

Я получаю ошибку, как в заголовке, когда я пытаюсь сделать betadisper на моей матрице различий. При взгляде на мое окружение он ясно говорит «dist».

as.dist () не помогает 

#fhf is a phyloseq object

veganotu = function(physeq) {
    require("vegan")
    OTU = otu_table(physeq)
    if (taxa_are_rows(OTU)) {
        OTU = t(OTU)
    }
    return(as(OTU, "matrix"))
}

Group <- sample_names(fhf)
dissimilarity_matrix <- vegdist(veganotu(fhf), method="bray")
homogen <- betadisper(dissimilarity_matrix ~ Group)
anova(homogen)

Я ожидаю, что результат будет похож на этот, но с другими значениями:

Анализ таблицы отклонений

Ответ: Расстояния Df Sum Sq Среднее Sq F значение Pr (> F) Группы 5 0,021037 0,0042074 1,5524 0,252 Остатки 11 0,029813 0,0027103

Сообщение об ошибке:

Ошибка в бета-дисперсии (disdentifity_matrix ~ Group) расстояния 'd' должны быть объектом 'dist'

1 Ответ

1 голос
/ 31 мая 2019

betadisper не принимает формулу.Вы должны написать betadisper(dissimilarity_matrix, Group).

...