Я использую функцию ODP в библиотеке edge для идентификации дифференциально выраженных транскриптов из очень большой матрицы (dim: 287 * 19000).Я получил неожиданный код ошибки, который не могу найти.
Учитывая ограниченное использование пакета, доступного в Интернете, я пока не смог найти ничего полезного.
endoexpr <- t(tr)
colnames(endoexpr) <- NULL
rownames(endoexpr) <- NULL
class <- samples$group
ind <- samples$participant
time <- as.integer(samples$time.point)
de_obj <- build_study(data = endoexpr, grp = class,
tme = time, ind = ind, sampling = "timecourse")
de_odp <- odp(de_obj, n.mods = 50, bs.its = 10)
Ожидаемые результаты в пакете (https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/edge/inst/doc/edge.pdf, глава 7).