Не удается сохранить филогенетическое дерево в pdf с цветом

Question

Я пытаюсь сохранить свое филогенетическое дерево с цветными ветвями, используя дискретные данные, каждый раз, когда я выполняю функцию pdf (), а затем пытаюсь открыть ее, я получаю ошибку pdf. Это код, который я использую

tree = read.nexus("phylo.1966")
tree3<-read.csv("BBS1966.2015.pgls.csv",row.names = 1)
tree3<-setNames(tree3[,1],rownames(Nesting))
cols<-setNames(palette()[1:6],levels(Nesting))
Nesttree<-make.simmap(drop.tip(tree2, setdiff(tree2$tip.label,names(Nesting))),Nesting, model = "SYM"
plotTree(Nesttree,cols,type="fan",fsize=0.8,lwd=3,ftype="i")
add.simmap.ledgend(colors=cols,x=0.9*par()$usr[1],y=0.9*par()$usr[4],prompt=FALSE,fsize=0.9)
pdf("Nesting1.pdf", width = 100, height = 100)
dev.off()

однако, если я помещу функцию pdf перед функцией plotTree, она откроется, но цвет не будет добавлен в дерево. tree2 из кода, который использовался ранее, который просто взял мое оригинальное дерево и добавил подвид, чтобы создать новое дерево.

Также, если я попытаюсь вручную сохранить график в формате JPEG, размер дерева останется прежним, но площадь графика изменится на выбранный мной размер, поэтому он выглядит маленьким и очень многолюдным.

Спасибо за любую помощь. Это изображение, которое я получаю после использования исправленного кода

Answer 1

Как я уже говорил, вы можете вручную настроить ширину и высоту изображений, если ваши изображения переполнены. Вы можете использовать любое устройство вместо jpeg (например, PDF) для PDF, однако вам не нужно устанавливать высоту или ширину.

jpeg("filename.jpeg", height = 1080, width =1080)
plotTree(Nesttree,cols,type="fan",fsize=0.8,lwd=3,ftype="i")
add.simmap.legend(colors=cols,x=0.9*par()$usr[1],y=0.9*par()$usr[4],prompt=FALSE,fsize=0.9)
dev.off()