while true do
Laser.Transparency = 1
wait(1)
Laser.Transparency = 0
wait(1)
end
Это бесконечный цикл. Ваш сценарий выполнен, интерпретатор входит в этот цикл и никогда больше не покидает его. Итак, следующая строка
Laser.Touched:Connect(onPartTouch)
никогда не будет выполнено.
Если вы хотите, чтобы что-то мигало, подумайте об использовании таймера.