gplots heatmap.2 медленный с Rowv = FALSE - PullRequest
Новая
       39

gplots heatmap.2 медленный с Rowv = FALSE

0 голосов
/ 14 марта 2019

У меня проблема с функцией heatmap.2 из gplots (версия 3.0.1.1): она обрабатывается очень медленно, когда для кластеризации строк и столбцов установлено значение FALSE .

Пример матрицы: 

x <- matrix(rnorm(25000), ncol=2)

с обоими кластерами: 

heatmap.2(x, Rowv=TRUE, Colv=TRUE, dendrogram="both")

это длится всего несколько секунд.

Если я удаляю оба кластера, он запускается так долго, что мне приходится его убивать: 

heatmap.2(x, Rowv=FALSE, Colv=FALSE, dendrogram="none")

Теоретически это должно быть быстрее, чем при вычислении кластеризации строк и столбцов ...

Что-то не так с версией пакета или с опциями, которые я использую? Может ли быть что-то не так в моей среде?

Я немного застрял здесь, любая помощь приветствуется! 

sessionInfo()

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Scientific Linux 7.2 (Nitrogen)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /nfs/software/as/el7.2/EasyBuild/CRG/software/OpenBLAS/0.2.20-GCC-6.4.0-2.28/lib/libopenblas_sandybridgep-r0.2.20.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] gplots_3.0.1.1

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0     KernSmooth_2.23-15 gdata_2.18.0       caTools_1.17.1    
[5] bitops_1.0-6       gtools_3.5.0
...